มจธ. ได้รับมอบหมายมาในช่วงที่สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรีเริ่มแยกตัวออกมาเป็นอิสระจากสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าเดิม (ประกอบด้วย วิทยาเขตธนบุรี ลาดกระบัง และพระนครเหนือ) โดยเริ่มมีแนวคิดแยกกันตั้งแต่ปี พ.ศ. 2525 และประกาศแยกอย่างเป็นทางการในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ 2529 ในกระบวนการแบ่งทรัพย์สินและสัญลักษณ์ประจำสถาบันนั้น มีการจับสลากเสี่ยงทายระหว่างทั้งสามสถาบัน ผลปรากฏว่า มจธ. (ธนบุรี) ได้รับพระมหามงกุฎ เศวตฉัตร และครุฑ ซึ่งต่อมาได้นำมาประดิษฐานในพื้นที่จัดแสดงภายในหอบรรณสารสนเทศ เพื่อเป็นเครื่องเตือนใจถึงรากเหง้าและเกียรติประวัติของมหาวิทยาลัย